В эпоху Камакура (1192–1333) в Японии широко распространяется дзэн-буддизм. Эта школа оказала колоссальное влияние на всю воинскую традицию Японии, и в том числе на ниндзюцу.
В ту же эпоху в Стране восходящего солнца появились акуто — «бандитские шайки». Они быстро переросли в отряды наемников, единственным средством существования которых стала военная служба. Так сложились предпосылки для существования самой профессии ниндзя и для возникновения «шпионских бюро» на основе нескольких старинных кланов, издревле пестовавших искусство шпионажа.