Надводная
Система бронирования линейных кораблей типа "Баерн" являлась типичной для германского (и ряда других европейских флотов, в т.ч. — русского) флота и имела назначением защиту корабля главным образом от интенсивного артиллерийского обстрела со сравнительно небольших дистанций (45...70 каб.) в основном фугасными снарядами.
Впрочем, даже на этих дистанциях, жизненно важные части корабля гарантировались от проникновения в них 305-343-мм бронебойных снарядов. В связи со своим предназначением система предусматривала использование броневых поясов нескольких ярусов с последовательно уменьшавшейся снизу вверх толщиной (пояса непотопляемости и остойчивости), бронирование ватерлинии в районе оконечностей сравнительно тонкой бронёй (для создания т.н. пояса ходкости), наличие двух броневых палуб сравнительно небольшой толщины, нижняя из которых располагалась ниже конструктивной ватерлинии.
Считалось, что незначительная толщина верхней горизонтальной броневой преграды (30-мм) компенсировалась доведением до её кромок вертикального бронирования и малыми углами встречи снарядов с нею на вышеуказанных расчётных дистанциях артиллерийского боя. Почему-то не учитывался пролом этой брони фугасным действием боевого снаряжения полубронебойных и фугасных снарядов крупных калибров попавших даже под небольшими углами (такие 305-356-мм снаряды проламывали броню толщиной в четверть своего калибра). Низкое положение водонепроницаемой нижней броневой палубы крайне благоприятно влияло на сохранение плавучести и остойчивости корабля при подводных повреждениях.
Толщина главного броневого пояса составляла в средней части 350 мм, у шельфа (нижней кромки под водой) — 170 мм. Над этим поясом располагался второй пояс толщиной 250 мм, доходивший до верхней палубы. Цитадель замыкалась броневыми траверзами. Вне пределов цитадели располагалась более тонкая бортовая броня, заканчивавшаяся у броневых переборок. Выше верхней палубы, на расстоянии около 1,52 м от борта, находилась 170 мм броня казематов 150-мм орудий. Промежуток между кромкой борта и казематом защищался 30-мм палубным настилом.
Толщина настила площадки над казематом составляла от 30 до 40 мм. Броневой скос средней палубы на миделе и в корме имел толщину 30 мм.
Линейный корабль Баерн (Планы палуб) 
В оконечности, за цитаделью, толщина этой палубы возрастала и составляла максимально 120 мм над рулевым приводом. В носовой части, перед цитаделью, толщина броневой палубы (нижней палубы) почти везде составляла 60 мм.
Толщина барбетной брони 380-мм башен колебалась от 350 мм (в районе выше палубы полубака для носовых башен и верхней палубы — для кормовых) до 25 мм у основаниях башен "А" и "В" и до 120 мм у оснований башен "X" и "Y".
Толщина брони орудийных башен составляла: лобовых плит — 350 мм, боковых плит — 251 мм; крыши в горизонтальной части — 100 мм и крыши в наклонной части — 120 мм.
Казематы 150-мм орудий выгородили поперечными и продольными переборками из 20 мм стальных листов.
Броня носовой боевой рубки имела максимальную толщину 350 мм и крышу толщиной 150 мм. У кормовой рубки толщина вертикальной брони составляла 180 мм, крыши — 130 мм.
Линейный корабль "Баерн". (Схема расположения бронирования) 
Выше броневой палубы на борту почти по всей длине корабля от барбета "А" до барбета "D" располагались угольные ямы. Они заполненные углем, повышали защитное действие броневого пояса и палуб. Считалось, что по сопротивляемости снарядам слой угля толщиной 1 м равноценен 50-мм брони. Эту систему защиты дополняла 30 мм противоосколочная продольная переборка, доходившая до верхней палубы и бывшая продолжением вверх главной броневой переборки конструктивной подводной защиты.
Вырезы в палубе полубака и в броневых палубах защищались составными броневыми колосниковыми решетками из 37 мм колосников с закругленными верхними и нижними кромками. Как правило, колосники располагались поперек корабля и имели высоту около 140 мм, а расстояние между их осями составляло 90 мм. В некоторых вырезах броневых палуб непосредственно под верхним ярусом броневых колосников монтировался второй ярус, колосники которого располагались в продольном направлении.
