Р-40 (изделие 46)
Самолетная РАС РП-СА «Смерч-А» (РП-25) обеспечивала обнаружение целей с больших расстояний, всеракурсный захват РГСН типа ПАРГ-12 мог быть осуществлен с дальностей до 30 км. Как и у остальных ракет второго поколения, самонаведение начиналось захватом цели ГСН на подвеске под носителем. За рубежом, после недолгих опытов, ракеты с ТГСН стали оружием ближнего боя (хотя его рубеж с совершенствованием оборудования и достиг 10 - 15 км), для атак с больших расстояний предназначались только ракеты с РГСН. Для поддержания нормальной температуры на подвеске аппаратура охлаждалась жидким фреоном из баллона, размещенного в АПУ. При разработке Р-40 предполагался комбинированный способ наведения - командный вывод на рубеж захвата с последующим самонаведением, но от него отказались из-за высокой чувствительности к помехам. Для контроля за полетом Р-40 и фотографирования, позволяющего оценить ход атаки, служил трассер в хвосте.
Высокие требования привели к появлению на борту ракеты сложного оборудования: автопилота, антенн и блоков управления, трех мощных ПАД для питания рулевых приводов и электрогенераторов аппаратуры. Необходимость сохранения балансировки в довольно длительном полете обусловила центральное расположение двигателя и привела к необходимости вывода сопел двигателя по бокам корпуса, подобно ранним «ракетным снарядам» (выработка топлива в продолжительном полете при этом мало сказывалась на центровке ракеты). Сам двигатель П1Д-134 имел твердотопливную шашку массой 118 кг. Мощный двигатель и развитое крыло обеспечивали Р-40 возможность поражения высотных и скоростных целей, летящих с большим превышением. Плотная компоновка Р-40 заставила разместить боевую часть весом 38 кг в хвостовом отсеке за двигателем. Для повышения надежности подрыв БЧ производился комбинированным радиооптическим взрывателем (КРОВ) «Аист-М». Большая дальность, сложность и насыщенность системами обусловили значительный вес ракеты - 470 кг.
Предсерийный перехватчик МиГ-25П с ракетами Р-40 
Р-40ТД на авиасалоне в Ле-Бурже 
МиГ-25П с ракетами Р-40Р 
Р-40Т и Р-40Р под крылом одного из первых МиГ-25П 
Как и другие перехватчики того периода, МиГ-25П нес ракеты с ТГСН и РГСН, которые могли запускаться залпом или поочередно. Для подвески, коммутации с «бортом» носителя и пуска служило авиационное пусковое устройство АПУ-84-46 (84 - заводское наименование самолета, 46 - ракет).
Возникавшие при встрече с противником ситуации были разнообразны, и двух ракет, которые несли истребители начала 60-х годов, было явно недостаточно. После их пуска истребитель превращался в «голубя мира» и необходимость усиления бортового вооружения наметилась довольно быстро. В ходе модернизации самолета в конце 70-х годов в комплексе с новой РАС «Сапфир-25» были доработаны и ракеты, оснащенные принципиально новой радиолокационной ГСН того же типа, что и у ракет Р-24, и получившие наименование Р-40РД. В новом исполнении Р-40РД были способны селектировать низколетящие цели на фоне земли. Помимо этого, доработанные перехватчики получили возможность нести ракеты ближнего боя Р-60. В варианте Р-40ТД ракета вошла и в комплекс перехвата МиГ-31 (уже как ракета средней дальности).
Р-40ТД под перехватчиком МиГ-3 1 
Р-40ТД в составе вооружения перехватчика МиГ-31 
МиГ-21 бис с ракетами Р-ЗР и Р-60 
