Выдержка приносит плоды
Свертывание проекта на стадии третьего прототипа не было исключительной ситуацией в истории японской авиации. Такое положение вещей возникало и до и после. Но в этот раз это означало не только потерянный год и утрату престижа, но и потерю выгоднейшего контракта. Даже для такой крупной фирмы как Накадзима, подобная потеря была очень ощутимой. Поэтому руководство компанией решило бороться до конца. Было решено продолжить работы над машиной за свой счет. Одновременно начались попытки заинтересовать в самолете нужных людей из штаба армии.
Конструкторы на самолете заменили некоторые узлы другими, а также применили несколько совершенно новых узлов, которые во время первого этапа работ еще не были готовы. Кроме того, было сделано все, чтобы снизить массу самолета. Парадоксально, но отсутствие конкретного задания позволил конструкторам творить не оглядываясь на ограничения, что подняло дух в коллективе.
В период между ноябрем 1939 года и сентябрем 1940 года было собрано и облетано десять прототипов (4304–4313). Все самолеты получили новый фюзеляж, имеющий меньший диаметр, но большую длину, а также уплощенный в сечении. Немного изменился кожух двигателя. Немного изменили силуэт хвостового оперения, на котором руль высоты занимал теперь всю заднюю часть. Киль приобрел свою окончательную округлую форму. Задний позиционный огонь перенесли на обычную для самолетов фирмы Накадзима позицию на верхней части киля. Изменилась также форма концов крыльев, вместо опорного костыля установили колесо. Фонарь получил новую форму, стал меньше, повысилась площадь остекления, назад сдвигалась вся задняя часть фонаря. Внешне самолет приобрел еще более чистый и аэродинамичный силуэт. Винт получил обтекатель втулки, а антенную стойку перенесли вперед на правый борт между фонарем и двигателем. Самолет оснастили более мощной радиостанцией, изменили планировку кабины и улучшили гидравлическую и электрическую системы самолета. Отдельные прототипы имели отличия: 4310 и 4313 были вооружены пулеметами Хо-103 Тип 1 калибра 12,7 мм вместо двух 7,7-мм пулеметов Тип 89; на 4305 и 4313 установили экспериментальный двигатель Накадзима Ха-105 мощностью 1100 л.с.
Два фото Ки-43-II-Ko ранней производственной серии, авиашкола в Акено, 1943 год. 
В конце концов, прототипы 4311 и 4313 оснастили так называемыми боевыми закрылками. Такое устройство впервые появилось на японских самолетах, а в других странах мира такие закрылки были вообще неизвестны. Закрылки могли выдвигаться на 15 градусов при любых режимах полета, что повышало грузоподъемность и уменьшало радиус разворота машины. Закрылки выпускались нажатием на две кнопки, расположенные на штурвале — желтая кнопка на левой стороне выпускала закрылки, а красная на правой стороне убирала. Это позволяло летчикам выжимать из машины все. Благодаря боевым закрылкам самолет мог буквально зависать в воздухе и разворачиваться на пятачке. Для союзнических пилотов такая маневренность представляла собой полную неожиданность. Благодаря таким возможностям самолета японские летчики могли без труда превращаться из жертвы в охотника. В умелых руках самолет представлял собой серьезного противника вплоть до конца войны, несмотря на то, что у союзников появились более современные истребители. В результате всех этих переработок осенью 1940 года акции Ки-43 резко пошли в гору.
Ки-43-II-Ko ранней производственной серии, в оригинальном камуфляже. 
Два Ки-43-II-Оцу. Самолет на переднем плане оснащен подвесными топливными баками. 
Осенью 1940 года, когда коллектив инженера Хидео Итокавы закончил работу над девятой и последней — десятой — машиной второй экспериментальной серии, было решено, что конструкция самолета исчерпала возможности к дальнейшему совершенствованию. В то же время, техники и летчики-испытатели армейской авиации считали машину достойной заменой устаревающему Ки-27. На судьбу самолета влияние оказало еще одно обстоятельство. Традиционным противником Японии считалась Россия (Советский Союз) и Китай. Но в 1940 году политическая ситуация сложилась так, что наиболее вероятным становился конфликт со странами ABDA ((American, British, Dutch, Australian) — США, Великобритания, Голландия и Австралия.). В этих условиях особую ценность приобретало такое качество Ки-43, как большой радиус действия.
Подробности того, как шел облет прототипов, нам не известны. Известно лишь, что в ходе испытательных полетов никаких серьезных происшествий не случилось. Результаты испытаний оказались обнадеживающими и 9 января 1941 года самолет был принят на вооружение как истребитель Тип 1. В рамках новой политики армейской авиации самолет получил официальное название «Хаябуса».
Сборочный цех на заводе Накадзима в Ота. Видны Ки-43-II-Оцу в последней стадии сборки. 
